Hikaye, genç bir hacker olan Marcus Holloway'in etrafında dönüyor. Marcus, San Francisco'da yaşayan bir grup hacktivist olan DedSec'e katılır. DedSec, sıradan insanları güçlü kuruluşlara ve hükümetlere karşı korumak için siber savaşçılar olarak faaliyet göstermektedir.
Marcus, DedSec'in misyonuna tamamen bağlıdır. İnsanların özgürlüğünü savunurken, teknolojinin kötüye kullanılmasına ve insanların mahremiyetinin ihlal edilmesine karşı savaşır. Marcus, hacker becerilerini kullanarak güçlü şirketlerin sırlarını ortaya çıkarır, teknolojik cihazları ele geçirir ve suçlu kişilere adaleti sağlar.
Hikaye boyunca, Marcus ve DedSec ekibi, San Francisco'nun yeraltı dünyasına sızar ve büyük bir komplo ağını ortaya çıkarır. Teknoloji devi Blume Corporation'ın halkın gizliliğini ihlal eden bir proje üzerinde çalıştığını keşfederler. Marcus ve ekibi, halkı korumak için bu projeyi durdurmak ve Blume'un gücünü kırmak için mücadele ederler.
Marcus, DedSec'in liderleriyle işbirliği yapar ve diğer hacker arkadaşlarıyla birlikte San Francisco'da hackleme, casusluk ve mücadele dolu bir maceraya atılır. Şehirdeki elektronik cihazları kontrol etmek, güvenlik sistemlerini aşmak ve düşmanları alt etmek için teknolojiyi ustalıkla kullanır.
Ancak Marcus ve DedSec, sadece Blume Corporation ile mücadele etmekle kalmaz, aynı zamanda diğer düşman gruplarla ve suç örgütleriyle de karşı karşıya gelir. Halkın özgürlüğü için savaşırken, Marcus ve ekibi cesaretlerini, zekalarını ve hacker yeteneklerini kullanarak her türlü engeli aşarlar.
Son görevde, Marcus ve DedSec ekibi, Blume Corporation'ın merkezine sızar ve şirketin kötü niyetli planlarını ortaya çıkarır. Büyük bir çatışmanın ardından, Blume'un projesini durdurur ve halkın özgürlüğünü korur.