Şehzade Selim, iyi gitmediğine inandığı devlet işlerini yoluna koymak istiyordu. Babasının şehzade Ahmet’i veliaht olarak düşündüğünü öğrenince babasından Rumeli sancaklarından birisine atanmasını istedi. İsteği kabul edilmeyince Kefe’ye gitti, dönmesi yönündeki çağrıları dikkate almayarak, kayınpederi olan Kırım hanından aldığı süvarilerle, Edirne’ye doğru ilerledi. Babası Bayezid’le burada buluşarak bir rivayete göre Vidin ve Niğbolu sancaklarının kendisine verilmesini sağladığı gibi, babasından sağlığında hiçbir oğlunu tahta geçirmeyeceğine dair söz aldı. Ancak şehzade Ahmed’i destekleyen devlet adamlarının bu yönde padişaha baskıda bulunmaları ve Çorlu’da babasının kuvvetleriyle girdiği mücadeleyi kaybetmesi üzerine Kırım’a dönmek zorunda kaldı.
Ancak, Şahkulu İsyanı’nda Hadım Ali Paşa’ya yardım etmeyen ve savaş alanını terk eden Şehzade Ahmed’e karşılık Şehzade Selim’in sergilediği azim ve cesaret, devlet adamalrı üzerinde itibarını arttırdı ve onun ertesi yıl tahta geçmesinde etkili oldu. Şehzade Selim, 24 Nisan 1512’de babasını, tahtından indirerek, padişah oldu. Sekiz yıl, dört ay, yirmi sekiz gün devam eden hükümdarlığı döneminde Osmanlı devletine büyük zaferler kazandırdı.