Harp Akademisinden mezuniyetini takiben yönetim karşıtı fikirlerinden dolayı kısa bir süre gözaltında tutuldu. 1905 yılında Şam'daki 5. Ordu emrine atandı. Aynı yıl bazı arkadaşlarıyla birlikte, gizli olarak, Vatan ve Hürriyet Cemiyeti’ni kurdu. Bu cemiyetin Beyrut, Yafa ve Kudüs’te şubeleri açıldı.
tti.başladığının onun imzası ile bütün cihana ilânı idi. Bu genelge diğer bir maddesiyle beliren millî tehlike karşısında izlenecek ilk yolu da belirtiyordu: "Her vilâyetten seçilecek milletin güvenini kazanmış delegelerle, Anadolu'nun en emin yeri olan Sivas'ta derhal bir millî kongre toplanacaktır".
Mustafa Kemal Paşa, Amasya Tamimi adıyla ünlü bu genelgesini yaptıktan sonra Erzurum'a geçmek üzere 27 Haziran 1919'da halkın sevinç gösterileri arasında Sivas'a geldi. Şehirde kaldığı 1 günlük süre içinde, Erzurum Kongresi'ni takiben Sivas'ta yapılacak Kongre için ilgililere gerekli direktifleri vererek Erzurum'a hareket etti. Atatürk, 3 Temmuz 1919 günü Erzurum'a geldi. Kendisi der ki "Benim Erzurum'a gelişim, bütün milletin ateşten bir çember içine alınmış olduğu bir zamana tesadüf etti. Bütün millet bu çemberin içinden nasıl çıkılacağını düşünmekte idi". O, Ilıca önlerinde Erzurumlular tarafından coşkun bir şekilde karşılandığı zaman Çukurova da muhacir olarak bulunup Erzurum'a dönen ihtiyar Mevlüt Ağa ile aralarında geçen konuşma, bu ateşten çember içinden mutlaka çıkılması gerektiği fikrini Atatürk'te daha da perçinledi. İhtiyar, fakat dinç Mevlüt Ağa'ya Mustafa Kemal Paşa sordu:" - Çukurova gibi verimli bir memleketten niye döndün? Yoksa geçinemedin mi?" Mevlût Ağa derhal cevap verdi: "- Hayır Paşam, geçimimiz çok rahattı. Son günlerde işittim ki İstanbul'daki ırzıkırıklar, bizim Erzurum'u Ermenilere vereceklermiş. Geldim ki göreyim, bu namertler kimin malını kime veriyorlar? Bu sözler, milletle beraber, millet için çalışmak üzere Erzurum' a gelen Mustafa Kemal Paşa'yı çok duygulandırmış, gözlerini yaşarmıştı. Etrafındakilere döndü ve : "-Bu milletle neler yapılmaz".
Atatürk, Erzurum'a gelişinden 5 gün sonra, 8-9 Temmuz 1919'da "Sine-i millette bir ferd-i mücahit" olarak çalışmak üzere çok sevdiği askerlik mesleğinden ve görevinden istifa etti. Artık bir millet ferdi olarak, milletten kuvvet, kudret ve ilham alarak tarihi vazifesine devam ediyordu.