Cengiz Han’ın soyağacı yarı mitolojik bir biçimde sis perdesi arkasındadır. Onun atalarının ve kendisinin doğuş efsanesi, Moğol mitolojisinin önemli belgelerindendir. Yazılış tarihi itibarı ile Cengiz Han’ın yaşadığı döneme en yakın olanı Şamanizm etkilerinin görüldüğü, 1240 yılında Moğolca olarak kaleme alınmış olan Moğolların Gizli Tarihi adlı yapıta göre Cengiz Han’dan 10 kuşak önce yaşayan Alangoya, Cengiz Han soyunun efsanevi büyük annesi olarak kabul edilmiştir. Moğolların Gizli Tarihinde yer alan efsaneye göre Alangoya dul kaldıktan sonra evlenmediği hâlde üç oğlu daha olmuştur. Cengiz Han ve onun bağlı olduğu Börçiginler bu çocuklardan “Bodoncar” adlı en küçük olanının soyundan gelmektedir. Alangoya efsanesi yalnızca Cengiz Han’ı değil onunla birlikte “Nirun” yani ışığın çocukları adı verilen bir yığın boyu ilgilendirse de Cengiz Han soyunun en büyük efsanesi olarak kabul edilmiştir. Nirun boylarından öncelikle Cengiz Han’ın boyu Borciginler ardından Tayciutlar, Barlaslar, Derbenler, Salciutlar ve başka birkaç boy daha sayılabilir. 1140 yılında Moğol kabilelerinden Börçiginlere ilişkin Kabul, bütün Moğolların ilk lideri olarak “Han” sanını almıştır. Cengiz Han’ın babası Yesügey Bahadır onun torunudur.
Kabul Han ve onun ardılı Ambakay Han zamanında Moğollar, Çin'deki Jin İmparatorluğu ile mücadele edecek kadar güçlenseler de Tatarlar, Çinlileri hoşnut etmek için Ambakay’ı Çin’e teslim ettiler. Ambakay hiç alışılmadık bir biçimde, “tahta eşek şekli” denen bir duruma sokularak çarmıha gerilip infaz edildi. Cengiz Han’ın büyük amcası Kutua, bu hakarete Çin üzerine ve Tatarlara bir dizi saldırı düzenleyerek yanıt verdi ve bu akınlar sonunda “Moğol Herkülü” sanını kazandı. Ancak, 1160 yılında, ayrıntıları bilinmeyen bir dizi olay sonunda, Kuzey Çin’in egemeni Jin Hanedanı, Moğolları hezimete uğrattı. Moğollar bir süre karmaşa içinde dağıldılar. Sefalet içinde yüzen bu karmaşık durumdaki Moğollar’ın içerisindeki önemsiz liderlerden biri olan Kabul Han'ın torunu Yesügey Bahadır, ittifaklar kurarak Moğolları güçlendirmeye çalıştı. Moğolların batı komşularından biri olan Türk boylarından Keraitler idi. Keraitler 200 yıldan beri Nasturi Hristiyan’dı. Hristiyan Keraitlerin o zamanki lideri Tuğrul idi. Tuğrul, 1160 yılında iç sorunlar sonucu tahtını yitirmişti. Moğolların lideri Yesügey, Tuğrul'a kabilesinin önderliğini yeniden ele geçirmesi için yardım etti. Tuğrul ve Yesügey anda ile kardeşlik yemini ettikten sonra, daha sonraları Moğolların yeniden ortaya çıkışında olağanüstü önem taşıdığını kanıtlayacak olan bir ittifak kurdular.