Hikaye, ana karakterimiz Light Yagami'nin eline düşen bir ölüm defteri olan Death Note ile başlar. Death Note, ölüm tanrısı Ryuk tarafından dünyaya bırakılmış gizemli bir kitaptır. Bu defter, ismi yazılan herhangi bir kişinin ölümüne neden olur.
Light, başlangıçta Death Note'un gücünü anlamaz, ancak kısa sürede kendini bir adalet savaşçısı olarak görür. Dünyayı suçlulardan temizlemek ve adil bir toplum yaratmak için Death Note'u kullanmaya karar verir. Light, kendisine Kira adını verir ve dünya genelinde suçluların ölümüyle korku salmaya başlar.
Ancak Light'ın adalet anlayışı ve yöntemleri, dünyanın en iyi dedektiflerinden biri olan L'nin dikkatini çeker. L, Kira'nın kim olduğunu bulmak için zekası ve dedektiflik becerilerini kullanır. Light, L ile bir zeka oyununa girişirken, kimliklerini birbirlerinden gizlemek ve birbirlerini alt etmek için entrikalı planlar yaparlar.
Hikaye ilerledikçe, Light'ın amacı orijinal niyetinden sapar ve gücüne olan aşırı bağımlılığı onu Kira olarak daha tehlikeli bir hale getirir. L, Light'ın gerçek kimliğini ortaya çıkarmak için elinden gelen her şeyi yapar.
Dedektiflik, gizem ve entrika dolu bu zeka oyunu sürerken, Light başkalarının hayatlarını tehlikeye atarak gücünü korumaya çalışır. Light'ın yakın arkadaşı ve Death Note'un önceki sahibi olan Misa Amane de hikayeye dahil olur ve karmaşık bir üçgen oluşur.
Sonunda, Light ve L arasındaki mücadele büyük bir çatışmaya dönüşür. Her iki taraf da zekalarını ve hilelerini sonuna kadar kullanırken, olaylar beklenmedik bir şekilde gelişir. Hikayenin sonunda, büyük bir sırrın ortaya çıkmasıyla birlikte, Light'ın gerçek yüzü ve kaderi açığa çıkar.